בסביבות יוני 2007 הורה החשוד על הטלת מצור על 1.5 מיליון תושבי עזה. מצור שנמשך עד 2009, ונחשב על פי החוק הבינלאומי כעונש קולקטיבי. המצור גרם למחסור במזון, במי שתייה, בדלק, חשמל ותרופות ליותר ממיליון בני אדם - הפרה של אמנת ג'נבה הרביעית ואמנת רומא.

ב-27 בדצמבר 2008 הורה החשוד על התקפה אווירית על כל מרכזי האוכלוסין של עזה. ההתקפה כללה מאות גיחות של מטוסי קרב שהטילו מאות טונות של פצצות על אזורי מגורים בעזה, דבר שהביא למותם של כ-1,200 בני אדם - גברים נשים וילדים. כ-5,300 נפצעו ומאות אלפים הפכו פליטים.

ב-10 בדצמבר 2008 הוגשה תלונה רשמית לבית הדין הפלילי הבינלאומי שבהאג, הולנד, נגד אהוד ברק ו-4 ישראלים נוספים: אהוד אולמרט, מתן וילנאי, אבי דיכטר וגבי אשכנזי בחשד לביצוע פשעי מלחמה ופשעים נגד האנושות בשל המצור על עזה.

תיאורו של החשוד: גבר לבן כבן 65 גובהו נמוך מהממוצע, שיערו מאפיר. החשוד מרכיב משקפיים ועיניו חומות.