בשנים 1996-1995 עמד החשוד בראש שירות הביטחון הכללי של ישראל (השב"כ) ובמסגרת זו הורה על ביצוע עינויים בפלסטינים - דבר הנאסר בחוק הבינלאומי ונחשב פשע נגד האנושות. העינויים כללו על פי רוב קשירה בתנוחות מכאיבות למשך שעות וימים ברציפות, תוך כדי כיסוי ראשו של העציר בשק מצחין ורטוב; "טלטולים"; מניעת שינה ואוכל; חשיפה לקור מקפיא או לחום גבוה. כבילה לכיסא קטן ואלכסוני. השמעת מוסיקה רועשת לשעות רבות, וניתוק מהעולם החיצון לעתים למשך חודשים.

על פי ראיונות שנתן החשוד לכלי תקשורת שונים לאחר שירותו, הוא היה מעורב באופן אישי בכ-100 מקרים בהם עונו עצירים פלסטינים, חלקם שוחרר אח"כ ללא הגשת כתב אישום ומשפט. באותם ראיונות תמך החשוד בעינויים ואף קרא לממשלת ישראל ולבג"ץ להמשיך במדיניות אסורה זו.

בידי ארגוני זכויות אדם בישראל ובעולם, כמו גם בידי אמנסטי, יש עדויות של מאות פלסטינים שעברו עינויים קשים (מתוך אלפים שעברו ולא העידו) - עינויים שנעשו בזמן כהונתו של החשוד כראש הארגון.

תלונה על מעורבותו של החשוד בעינויים של בני אדם הוגשה נגדו בדנמרק באוגוסט 2001 על ידי עורכי דין לזכויות אדם וקבוצה של פליטים פלסטינים שקיבלו מקלט מדיני בדנמרק. התלונה נדחתה בשל חסינותו הדיפלומטית של החשוד שמונה לשגריר ישראל בדנמרק.

תיאורו של החשוד: גבר לבן כבן 60. מרכיב משקפים.